小型医院污水处理设备是基于以悬浮生长的微生物在好氧条件下对污水中的有机物、氨氮等污染物进行降解的废水生物处理活性污泥法的工艺。按时序来以间歇曝气方式运行，改变活性污泥生长环境的，被全球广泛认同和采用的污水处理技术。
现阶段，国内医院对污水处理的主要有两种方法：
，利用消毒剂进行消毒之后将其排入市政下水道。第二，对污水采取生化处理并在消毒之后向自然水体中排放。这两种污水处理方式的主要特点表现在：先，病原微生物浓度较高，小型医院污水处理设备对污水的消毒达不到合格标准。尤其大多医院在规模缩小、等级降低之后，其消毒方法、污水处理设备以及自我检测方面的完善程度也呈现递减趋势。其次，消毒过程中主要以氯为主。国内大多地区目标所采用的一般为一级或二级处理加氯消毒、次氯酸钠消毒剂或者利用液氯、二氧化氯进行消毒。
第三，消毒剂投加量过量或不足的情况比较常见。一部分医院为保证杀菌比较彻底，使用过量的消毒剂，也有部分医院为节约成本，投加量明显不足，达不到良好的消毒效果。
能地进行固液分离，将废水中的悬浮物质、胶体物质、生物单元流失的微生物菌群与已净化的水分开。分离工艺简单，占地面积小，出水水质好，一般不须经三级处理即可回用。
小型医院污水处理设备可使生物处理单元内生物量维持在高浓度，使容积负荷大大提高，同时膜分离的性，使处理单元水力停留时间大大的缩短，生物反应器的占地面积相应减少。
由于可防止各种微生物菌群的流失，有利于生长速度缓慢的细菌(硝化细菌等)的生长，从而使系统中各种代谢过程顺利进行。
使一些大分子难降解有机物的停留时间变长，有利于它们的分解。
小型医院污水处理设备膜处理技术与其它的过滤分离技术一样，在长期的运转过程中，膜作为一种过滤介质堵塞，膜的通过水量运转时间而逐渐下降有效的反冲洗和化学清洗可减缓膜通量的下降，维持MBR系统的有效使用寿命。
医院中常用的污水消毒方法主要有化学法与物理法，其中化学法中加氯消毒方法应用较为广泛，如液氯、二氧化氯、漂白粉、次氯酸钠等消毒剂。医院中采用加氯消毒工艺的原因在于其操作简便，对细菌等病原体的杀灭能起到较好的效果，但存在的局限性也不容忽视。
小型医院污水处理设备分类废水所使用药剂为了减低成本都是有很强针对性。从而造成各分类废水处理良好，综合水还是处理不达标。为水质清澈和降低成本使用大量石灰。但是却产生大量污泥，往往废水处理成本中30%---40%是处理污泥所产生。
